--- ./makefile.orig 2009-06-02 17:45:34.000000000 +0200 +++ ./makefile 2014-08-02 12:43:45.000000000 +0200 @@ -25,8 +25,8 @@ # Makefile for swat, phrap, cross_match, phrapview; also swprobs (currently inactivated) #CC= icc #CFLAGS= -O2 -wd266,880 -CC= cc -CFLAGS= -O2 +CC?= cc +#CFLAGS= -O2 LFLAGS= -lm SWATOBJS= swat.o weibull.o @@ -55,7 +55,7 @@ CALFOBJS= calf_merge.o calf_utils.o -all: swat phrap cross_match phrapview cluster loco calf_merge +all: swat phrap cross_match phrapview pcluster loco calf_merge #manyreads: # touch swat.h; @@ -131,9 +131,9 @@ $(CC) $(CFLAGS) -o $@ gccross_match.o gccall_subs.o $(CROBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(JKBSWOBJS) $(LFLAGS) chmod o-r gccross_match -cluster: makefile $(CLOBJS) call_subs.o $(SCANOBJS) $(SWOBJS) +pcluster: makefile $(CLOBJS) call_subs.o $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(CLOBJS) call_subs.o $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(LFLAGS) - chmod o-r cluster + chmod o-r pcluster loco: makefile $(LOCOOBJS) $(SWOBJS) $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(LOCOOBJS) $(SWOBJS) $(LFLAGS)